Økonomien i UV-systemet bestemmes av følgende faktorer: utstyrskostnader og liv; elektrisk effektivitet; grad av reduksjon i steriliseringseffekt under drift; strømkostnader, etc. Den økonomiske analysen av det ultrafiolette desinfeksjonssystemet har ennå ikke kommet til en konklusjon. Det er mange analyserapporter med ulike konklusjoner. Det er meninger om at den ultrafiolette desinfeksjonsenheten bruker mye strøm, og vedlikeholdet og kostnaden for utstyret er høy. For store systemer er utstyrsinvesteringen høyere enn ozonsystemet, og driftskostnadene ligner på ozon; men for det lille systemet med ren vannproduksjon er investeringen lavere enn for ozonenheten. Det er også meninger om at for behandlingsskalaer på tusenvis av tonn / dag eller mer, er investerings- og driftskostnadene til UV-desinfeksjonssystemet svært fordelaktige, noe som er mye lavere enn kostnaden for klorering og ozondesinfeksjon. For eksempel er det analytiske data rapporterer at når du bygger et lite drikkevannsbehandlingsanlegg med en befolkning fra 10 til 25.000, det omtrentlige forholdet mellom ultrafiolett, klordioksid og ozondesinfeksjonskostnader er 1:4: (8-9), for en befolkning som er større enn for 500.000 sosiale organisasjoner, er kostnadsforholdet ca. 1:2.5:2.5.
Disse kostnadsestimatene inkluderer ikke ekstra kostnader ved å fjerne desinfeksjonsprodukter og cryptosporidium cyster når du bruker ikke-UV-desinfeksjonsprosesser. I tillegg viser analysedata at investerings- og driftskostnadene ved ultrafiolett desinfeksjon er lavere enn for klordesinfeksjon, og desinfeksjonskostnaden er omtrent halvparten av klor, men forskjellen reduseres med utvidelse av vannbehandlingsskalaen.
I Frankrike og det tidligere Sovjetunionen var ultrafiolett desinfeksjon begrenset til lite utstyr. Det store utstyret som ble etablert var å installere ultrafiolette lamper i serier i strømnettet av filtrert vann. I USA er ultrafiolett desinfeksjon også begrenset til lite utstyr og svømmebassenger, og kombineres ofte med andre desinfeksjonsmidler. Det har imidlertid blitt rapportert i praktiske anvendelser at omfanget av drikkevannsplanter ved hjelp av ultrafiolett desinfeksjon har oversteget 1,5 millioner tonn per dag.